L'origine della Processione si può riportare alla tradizione medievale delle pubbliche flagellazioni di penitenza che, accompagnate da processioni e canti, rappresentano le prime manifestazioni delle Confraternite. Nella seconda metà del Seicento le rappresentazioni sacre sono ritenute dai Vescovi "non decorose e ridicole": la Processione di Savona subisce così una netta trasformazione con l'adozione di gruppi lignei raffiguranti scene della vita di Cristo.
La Rappresentazione della Passione comunque rimane un avvenimento proprio di ogni Confraternita: una cronaca del 1751 annota la realizzazionedi tre distinte Processioni, due il Venerdì Santo e una il Giovedì che percorrevano le vie del centro medievale.Soltanto con il Decreto Vescovile del 1813 le Confraternite si riuniscono e vanno a costituire un'unica ed omogenea Processione, stabilendone la successione delle allora "dodici casse" e le regole da seguire. Nel corso degli anni la manifestazione ha avuto delle modificazioni: si è arricchita di ulteriori gruppi fino all'epoca attuale (è del 1978 l'ultima realizzazione - Ecce Homo - che sostiene la precedente scultura settecentesca andata distrutta nella seconda guerra mondiale); ha cambiato il percorso lasciando gli stretti vicoli per le più larghe vie ottocententesche;l'illuminazione elettrica sulle casse ha preso il posto dell'affascinante ma più pericolosa luce delle candele.

La Processione percorre le vie cittadine nelle ore serali ed è costituita da 15 gruppi lignei (Casse) sorretti a spalle. Dato l'enorme peso, il cammino è frammentato da molte soste che vengono dettate da colpi di martello (mazzetta), impartiti dai due comandanti battuti sul fronte della lunga trave di legno (stanga) che sostiene la Cassa stessa. Completano il corteo religioso i gruppi corali e strumentali che si intervallano tra le Casse. La Processione non è soltanto Casse, fatica dei portatori, colpi di mazzetta: il silenzio penitenziale è interrotto da gruppi musicali che sottolineano la drammaticità del momento. Le melodie caratteristiche della Quaresima risuonano per le vie della Città evocando nei presenti sentimenti di commozione. Le bande suonano Pastorali di Bach mentre le corali eseguono canti gregoriani tipici della Settimana Santa. Soprattutto famosi sono gli inni, detti "mottetti", musicati per l'occasione nel secolo scorso da autori savonesi. Sono eseguiti da un complesso corale-orchestrale che comprende: 50 fiati, 15 archi, 100 voci bianche e un coro di 120 elementi.

"La processione del Venerdì è un modo per rivivere la memoria di quanto Dio ha fatto per salvare l'uomo. Le casse rievocano i grandi momenti della storia della salvezza, che nella passione, morte e resurrezione di Gesù Cristo trova il suo compimento. Accompagnamo il loro passaggio nelle vie cittadine contemplando con fede e pregando con gratitudine."